کوتاهی قد در بسیاری از موارد به علت عوامل فیزیولوژیک مانند علل سرشتی یا فامیلیال (ژنتیک) ایجاد می‌شود. عملکرد سیستم غدد اندوکرین در شد قدی موثر است. کوتاهی قد ممکن است به علت ابتلا به بیماری‌های مهم و قابل درمان (علل پاتولوژیک) مانند بیماری‌های مزمن گوارشی یا کلیوی، ریکتز، دیسپلاری استخوانی، اختلالات کروموزومی، بیماری‌های مختلف نظیر سوءتغذیه و بیماری‌های ریوی، خونی و مشکلات روحی- روانی نیز به وجود آید. اختلالات هورمونی نیز می‌تواند علت دیگر کوتاهی قد باشد.